Viele Systeme des Kobudo wurden von Bauern gegründet die sich gegen die Unterdrückung der Feudalherren stellten. Da es den Bauern zu dieser Zeit verboten war Waffen zu tragen, benutzten sie Werkzeuge ihres täglichen Gebrauchs, da diese nicht den Charakter von Waffen hatten und somit von den Bauern getragen werden durften. Daraus ergab sich ein umfangreiches Arsenal aus Knüppeln (Bo, Hanbo, Tetsubo…), verbundene Stöcke (Nunchaku), Sicheln (Kama), Ketten (Surujin, Kusari) und Werkzeugen zum zermalen von Korn und Reis (Tonfa).

Die Samurai, die sich meist auf ihre „edlen“ Waffen beschränkten, betrachteten einige dieser Systeme sogar als unwürdig und übten sich allein aus diesem Grund schon nicht darin. Doch die Bauern waren von Natur aus traditionell eingestellt und konnten einem Todesurteil mit der selben Gelassenheit entgegen blicken wie ein Krieger.
Kobudowaffen wurden erstmalig im Jahre 1243 in einem Kriegsberichtsbuch erwähnt. Im 19ten Jahrhundert, zur Zeit der sozialen Umschichtung Japans, verlor sich der martialische Hintergrund des Kobudo und es geriet langsam in Vergessenheit. So wurde nach und nach die Wandlung weg vom „martialischen Kampf“ hin zur „Kunst des Kampfes“ vollzogen.